Sinds de inwerkingtreding van de Wet Subsidiëring Politieke Partijen is de JOVD officieel gelieerd aan de VVD. In politiek opzicht is de JOVD echter volledig onafhankelijk, wat betekent dat wij onze eigen standpunten bepalen. Soms wijkt de politieke lijn van de JOVD af van die van de VVD. Zo is de JOVD bijvoorbeeld voor de legalisering van softdrugs, in tegenstelling tot de VVD. Tot het jaar 2000 werd de JOVD gezien als officieuze jongerenorganisatie van de VVD.